Tutkijat ovat löytäneet salaperäisen geenin SARS-CoV-2-koronaviruksen geneettisestä koodista. Segmentti on käytännössä piilotettu viruksen genomissa näkyviltä ja silti unohdettu.
Äskettäin tunnistettu geeni – ORF3d – on esimerkki siitä, mitä kutsutaan limittyväksi geeniksi: eräänlainen 'geenin sisällä oleva geeni', joka kätkeytyy tehokkaasti nukleotidiketjuun johtuen siitä, että se menee päällekkäin muiden geenien koodattujen sekvenssien kanssa.
“Genomikoon suhteen SARS-CoV-2 ja sen sukulaiset ovat olemassa olevien pisimpien RNA-virusten joukossa”, kertoo bioinformatisti Chase Nelson American Natural History Museumista.
“Siksi he ovat alttiimpia” genomisille huijauksille “kuin muut RNA-virukset.”
Itse asiassa viruksilla on melko altis olla päällekkäisiä geenejä, joten tämä ei ole aivan yllättävä löytö. Vielä on nähtävissä, onko ORF3d todellakin genominen huijaus, mutta sitä on ehdottomasti vaikea nähdä joka tapauksessa.
Päällekkäisiä geenejä on vaikea tunnistaa geneettisissä sekvensseissä, koska genomiset skannausjärjestelmät voivat usein ohittaa ne skannattaessa geneettisen koodin rivejä: ne on ohjelmoitu valitsemaan yksittäisiä geenejä, mutta eivät välttämättä näe sekvenssissä olevien vierekkäisten geenien nukleotideille yhteisiä yleisiä ohjeita.
Elektronimikroskooppi SARS-CoV-2 -viruspartikkeleista. (NIAID).
SARS-CoV-2: n kaltaisten virusten yhteydessä tämä voi luoda vakavan sokean alueen. Tutkijat ovat pyrkineet ymmärtämään mahdollisimman paljon tästä tuhoisasta viruksesta tämän vuoden alusta lähtien, ja vaikka joitain sen geneettisen rakenteen näkökohtia on selvitetty (mukaan lukien vankka usko, että sitä ei ole luotu laboratoriossa), on vain paljon sellaista, jota emme vielä tiedä. .
“Päällekkäiset geenit voivat olla yksi niistä tavoista, joilla koronavirukset ovat kehittyneet replikoitumaan tehokkaasti, heikentämään isännän immuniteettia tai siirtämään itseään.”
ORF3d: n suhteen on vielä paljon opittavaa siitä, miksi se on olemassa, piiloutuu genomissa ja menee päällekkäin muiden geenien kanssa.
Yksi asia, jonka tiedämme varmasti salaperäisestä geenistä, perustuu COVID-19-potilaiden aiempiin verikokeisiin, on se, että ORF3d laukaisee voimakkaan vasta-ainevasteen.
“Emme vielä tiedä sen toimintaa ja kliinistä merkitystä”, Nelson sanoo.
“Mutta ennustamme, että T-soluvaste ei todennäköisesti tunnista tätä geeniä, toisin kuin vasta-ainevaste. Ja kenties sillä on jotain tekemistä sen kanssa, miten geeni pystyi syntymään. '
Yksi asia on varma. Virukselle, jolla on vain noin 15 tunnettua geeniä, vielä toisen, päällekkäisen geenin löytäminen on merkittävä edistysaskel. Kuinka tärkeätä tutkijat yrittävät nyt selvittää.
Tulokset raportoidaan eLifelle.
