Tutkijat ovat juuri ilmoittaneet löytävänsä uuden, uskomattoman yleinen virus, joka elää ihmisen sisällä suoliston bakteerit. Hän sai nimen “crAssphage” ja melkein kuuden kertaa yleisempi kuin kaikki muut bakteerivirukset koota. Mutta kuinka onnistuimme olemaan huomaamatta häntä niin paljon aika?
valokuva avoimista lähteistä
Syynä siihen, että emme ole löytäneet crAssphagea aikaisemmin, on se että emme tienneet, että meidän piti etsiä häntä. Se mitä se on keinoin.
Vaikka uusia sekvensointitekniikoita on tulossa yhä enemmän nopea ja halpa, heillä on edelleen yksi heikkous: he hyvä löytää asioita, joiden jo tiedämme olevan olemassa mutta ne soveltuvat huonosti uusien organismien etsimiseen. kun tutkijat tutkivat orgaanista näytettä, he saavat keittoa Kaikkien tähän liittyvien elävien esineiden DNA-katkelmat näyte – bakteerit, virukset ja henkilö itse. Sitten nämä fragmentit on koottava siinä järjestyksessä kuin mahdollista tunnistaa. Jos löydämme genomikohtaisen ketjun joitain bakteereja – se tarkoittaa, että löysimme tämän bakteerin näytteestä.
Ongelmana on, että jos emme vielä tiedä meille tuntemattomien virussekvenssien – emme voi havaita tällä tekniikalla. Mutta itse asiassa uuden kirjoittaja crAssphage -tutkimus Bas Datil kertoo olevansa melkein tuntemattomia 75 prosenttia tutkittujen näytteiden DNA-sekvensseistä.
Datila-joukkue pystyi löytämään uuden viruksen käyttämällä täysin erilaista virusta lähestymistapa, joka perustuu yksinkertaiselle idealle: katkelmat siitä kerta toisensa jälkeen löytyvät samasta näytteestä suurella todennäköisyydellä ovat yhden genomin osia. He käyttivät tekniikkaa niin kutsutaan ristikokoonpanoksi yhden tällaisen ryhmän tunnistamiseksi toistuvat sekvenssit näytteistä, jotka on otettu 12 henkilöstä. Sitten he kokosivat nämä sekvenssit yhdeksi genomiksi.
Ja he saivat täsmälleen sen: crAssphage-viruksen, jonka nimi on se ristikokoonpanotekniikka, joka johti hänen löytö. He huomasivat, että crAssphage elää bakteroidien sisällä – yleinen bakteeriryhmä, joka elää suolistossamme.
Tutkimuksen tuloksena ryhmä löysi crAssphagen 75%: iin ihmisten suolisekvenssit Yhdysvalloissa, Euroopassa ja Etelä-Koreassa. Olemme kunnes tiedämme mitä nämä faagit tekevät suolestamme, mutta he ehdottomasti olla merkitys suolistomikrobissamme ekosysteemin.
Ja lopuksi, mielenkiintoinen tosiasia: tutkijat ovat laskeneet sen meidän kehossa on noin 100 kertaa enemmän viruspartikkeleita kuin todellisuudessa ihmisen solut. Joten meillä on vielä paljon tehtävää. selville, mitä me todella olemme.
DNA-virukset
